O algodoeiro (Gossypium spp.) é cultivado para produção de fibra e óleo. O algodão apresenta vários coprodutos, provenientes da separação da fibra e extração do óleo da semente. Entre os coprodutos do algodão, a semente coberta com línter é rica em óleo, contém em média 60% de caroço e 40% de fibra e é a principal matéria-prima para a extração de óleo. O farelo de algodão é o produto resultante da extração do óleo do caroço pela conjugação de métodos físicos e químicos. Em função do tipo da extração, podem-se obter a torta gorda (5% de óleo residual), mais energética, proveniente apenas da prensagem mecânica, porém com menor teor de proteína; e a torta magra ou farelo (menos de 1% de óleo residual) oriundo da extração por solvente, principalmente hexano, após prensagem, a qual apresenta maior concentração de proteína. Este coproduto tem sido utilizado com o objetivo de reduzir o uso do farelo de soja visando à obtenção de condições econômicas mais vantajosas, muito embora apresente menores teores de energia e proteína, além de apresentar maior teor de proteína não degradável no rúmen.
A composição bromatológica do farelo de algodão é geralmente de 48% de proteína bruta (PB), 1,8% de extrato etéreo (EE), 25% de fibra em detergente neutro (FDN), 17% de fibra em detergente ácido (FDA) e 77% de nutrientes digestíveis totais (NDT). As características nutricionais do farelo de algodão podem variar de acordo com o teor de cascas incluído na sua composição, sendo que quanto maior o teor, maior será a fibra bruta (FB) e menor o teor de PB do farelo. Tal fato explica a variação dos principais tipos de farelo de algodão encontrados no mercado brasileiro, sendo estes o farelo tipo 30, que possui em torno de 30% de PB e o farelo tipo 40, que possui em torno de 40% de PB. Ao mesmo tempo, o tipo 40 possui menor teor de fibras quando comparado ao farelo tipo 30.
A utilização do farelo de algodão na alimentação animal pode ser limitada devida à presença de gossipol, pigmento fenólico de coloração amarelada, produzido por glândulas encontradas nas raízes, partes aéreas e sementes do algodão. A função do gossipol para a planta é limitar a predação por insetos, incrementando a sobrevivência do vegetal.
Os efeitos tóxicos do gossipol são maiores para os monogástricos, como suínos e aves, que são bastante suscetíveis à toxicidade da substância, assim como os pré-ruminantes, podendo reduzir a capacidade carreadora de oxigênio no sangue, resultando em respirações curtas e edemas pulmonares. Portanto, os sinais de intoxicação aguda pelo gossipol em não ruminantes e pré-ruminantes são semelhantes e incluem dificuldade na respiração, dispneia, diminuição da taxa de crescimento, anorexia, fraqueza, apatia e morte depois de vários dias. Além disso, a ocorrência de morte súbita promovida pelo gossipol foi relatada em bezerros. Achados post-mortem incluem derrames pleural e abdominal, necrose centrolobular do fígado, edema generalizado, congestão dos pulmões e do fígado e degeneração das fibras cardíacas.
Os ruminantes adultos apresentam menor sensibilidade ao gossipol por haver ligação desta substância a proteínas do fluido ruminal. A ingestão de gossipol em quantidades superiores à capacidade de detoxificação ruminal permite a absorção de gossipol livre. Até recentemente considerava-se que os ruminantes poderiam inativar mais gossipol do que seriam capazes de consumir. No entanto, métodos modernos de extração do óleo têm aumentado a concentração deste composto fenólico nos subprodutos, ao mesmo tempo em que as vacas de alta produção tendem a aumentar a ingestão de alimentos, e consequentemente a de gossipol. Como o gossipol altera a coloração e a qualidade do óleo de sementes de algodão, os processamentos para a obtenção do óleo procuram manter esta toxina no farelo. Uma forma desta obtenção é através do processamento térmico, que faz o gossipol se ligar a aminoácidos constituintes de proteínas do algodão, especialmente ao aminoácido lisina, reduzindo sua disponibilidade. Com relação ao potencial tóxico, o gossipol apresenta-se em duas formas, a livre, mais tóxica por ser prontamente absorvida, e a ligada, que ocorre após a complexação do gossipol livre com proteínas solúveis e disponíveis no meio. No farelo de algodão o gossipol total é de aproximadamente 10,6 mg.g-1 e o livre, entre 3 a 5 mg.g-1.
O farelo de algodão é utilizado em dietas para ruminantes, em substituição ao farelo de soja, parcial ou totalmente. Alguns estudos mostraram que bovinos alimentados com farelo de algodão apresentaram redução no ganho de peso, entretanto a fonte proteica (farelo de soja ou farelo de algodão) não afetou a qualidade da carcaça. Vacas leiteiras de alta produção (25 Kg de leite/d) podem ser alimentadas com farelo de algodão, quando utilizada a silagem de milho como volumoso, na proporção de 60% da dieta. Alguns autores observaram a redução na digestibilidade da matéria seca e da matéria orgânica ao se substituir o farelo de soja pelo farelo de algodão, sendo que essa depressão na digestibilidade, evidenciada principalmente na digestibilidade da proteína está relacionada a toxidez promovida pelo gossipol. O gossipol é combinado com grupamentos amino no trato digestivo e então é excretado, eliminando assim o gossipol absorvido.